Auf kantonaler Ebene weist das politische System die gleichen Strukturen auf, wie auf Bundesebene. Auch hier gilt die Unterscheidung in:
Legislative (gesetzgebende Gewalt): Kantonsrat
Exekutive (ausführende Gewalt): Regierungsrat
Judikative (rechtsprechende Gewalt): Kantonsgericht
Die wichtigsten Parteien im Kanton sind die Schweizerische Volkspartei (SVP), die Mitte, die Liberalen (FDP), die Christlichsoziale Partei Obwalden (CSP OW) und die Sozialdemokratische Partei Obwalden (SP).