Auf kantonaler Ebene weist das politische System die gleichen Strukturen auf, wie auf Bundesebene. Auch hier gilt die Unterscheidung in:
Legislatura (poder legislativo): Consejo Cantonal
Ejecutivo (poder ejecutivo): Consejero del Gobierno
Poder Judicial (poder judicial): Tribunal Cantonal
Die wichtigsten Parteien im Kanton sind die Schweizerische Volkspartei (SVP), die Mitte, die Liberalen (FDP), die Christlichsoziale Partei Obwalden (CSP OW) und die Sozialdemokratische Partei Obwalden (SP).