Auf kantonaler Ebene weist das politische System die gleichen Strukturen auf, wie auf Bundesebene. Auch hier gilt die Unterscheidung in:
Législatif (pouvoir législatif) : Conseil cantonal
le pouvoir exécutif (pouvoir d'exécution) : Conseiller d'État
Pouvoir judiciaire (pouvoir de rendre la justice) : Tribunal cantonal
Die wichtigsten Parteien im Kanton sind die Schweizerische Volkspartei (SVP), die Mitte, die Liberalen (FDP), die Christlichsoziale Partei Obwalden (CSP OW) und die Sozialdemokratische Partei Obwalden (SP).